Moleküler Evrim (Biyoinformatik IV)

Uzmanlık programındaki bir önceki kursta genleri, proteinleri ve genomları nasıl karşılaştıracağımızı öğrendik. Bu yöntemleri kullanabileceğimiz yollardan biri, birbiriyle ilişkili geniş bir organizma koleksiyonunun zaman içinde nasıl evrimleştiğini gösteren bir "Yaşam Ağacı" oluşturmaktır. Kursun ilk yarısında, tüm zamanların en çok atıf alan bilimsel makalelerine konu olmuş evrimsel ağaç oluşturma yaklaşımlarını tartışacak ve bunların ölümcül bir virüsün kökenini bulmaktan modern insanın doğum yerini tespit etmeye kadar pek çok karmaşık soruyu nasıl çözebileceğini göstereceğiz. Kursun ikinci yarısında ise vites değiştirecek ve kuşların dinozorlardan evrimleştiği yönündeki eski iddiayı inceleyeceğiz. Bunu nasıl kanıtlayabiliriz? Özellikle, bir T. rex fosilinden elde edilen peptitlerin tavuklarda bulunan peptitlerle yakından eşleştiğini iddia eden bir sonucu inceleyeceğiz. Özellikle, bu sonucun geçerli mi yoksa bir tür kontaminasyondan mı kaynaklandığını nasıl değerlendirebileceğimizi sorgulamak için hesaplamalı proteomik yöntemlerini kullanacağız. Son olarak, ebola virüslerinin evrimsel ağacını yeniden oluşturmak ve küresel sağlık krizine yol açan son Ebola salgınının kaynağını belirlemek için popüler biyoinformatik yazılım araçlarını nasıl uygulayacağınızı öğreneceksiniz.