Genome Sequencing (Bioinformatics II)

Genom dizileme ve bunun kişiselleştirilmiş tıp çağını başlatma potansiyeli hakkında çok şey duymuş olabilirsiniz, ancak bir genomu dizilemek ne anlama geliyor? Biyologlar hala bir genomun nükleotidlerini bir kitabı başından sonuna kadar okur gibi okuyamıyorlar. Ancak, DNA'nın kısa parçalarını okuyabiliyorlar. Bu kursta, bu kısa parçalardan genomları bir araya getirmek için grafik teorisinin nasıl kullanılabileceğini göreceğiz. Ayrıca kaba kuvvet (brute force) algoritmalarını öğreneceğiz ve bunları antibiyotik adı verilen mini proteinleri dizilemek için uygulayacağız. Kursun ilk yarısında, biyologların bir insan genomunun 3 milyar nükleotidini bir kitabı başından sonuna kadar okur gibi okuyamadıklarını göreceğiz. Ancak, DNA'nın daha kısa parçalarını okuyabiliyorlar. Bu kursta, şimdiye kadar bir araya getirilmiş en büyük yapboz olan bu kısa parçalardan genomları monte etmek için grafik teorisinin nasıl kullanılabileceğini göreceğiz. Kursun ikinci yarısında, MRSA gibi antimikrobiyal dirençli bakterilerin artışta olduğu günümüzde büyük önem taşıyan bir konu olan antibiyotikleri tartışacağız. Antibiyotikleri ilaç olarak biliyorsunuz, ancak moleküler düzeyde bunlar bakteriler tarafından kendi türlerini öldürmek için tasarlanmış kısa mini proteinlerdir...