Genleri, Proteinleri ve Genomları Karşılaştırmak (Biyoenformatik III)

Önceki kursta genomları diziledikten sonra, türlerin nasıl evrimleştiğini ve onları neyin farklı kıldığını belirlemek için bunları karşılaştırmak isteyeceğiz. Kursun ilk yarısında, genler (yani kısa DNA dizileri) veya proteinler gibi iki kısa biyolojik diziyi karşılaştıracağız. İki geni/proteini birbirinden ayıran mutasyon sayısını belirlememize yardımcı olacak dinamik programlama (dynamic programming) adlı güçlü bir algoritmik araçla karşılaşacağız. Kursun ikinci yarısında, milyonlarca yıllık evrim boyunca büyük DNA bloklarını yerinden oynatan genom düzenlemeleri (genome rearrangements) adı verilen büyük ölçekli mutasyonları görmek için "uzaklaşarak" tüm genomları karşılaştıracağız. İnsan ve fare genomlarına bakarak kendimize şu soruyu soracağız: Tıpkı depremlerin fay hatları boyunca meydana gelme olasılığının çok daha yüksek olması gibi, genomumuzda da genom düzenlemelerinin bir parçası olarak kırılmaya daha yatkın "hassas" bölgeler var mı? Kombinatoryal algoritmaların bu soruyu yanıtlamamıza nasıl yardımcı olacağını göreceksiniz. Son olarak, BLAST dahil olmak üzere dizi hizalamadaki sorunları çözmek için popüler biyoenformatik yazılım araçlarını nasıl uygulayacağınızı öğreneceksiniz.