Bakteriyel Biyoenformatik

Bu kurs, bakteriyel sekans verilerinin yaygın genomik tabanlı analiz görevlerini gerçekleştirmek için uygulamalı gösterimler ve alıştırmalar sunmaktadır. Analiz platformu olarak, eski üç kaynağın (PATRIC, IRD ve ViPR) birleşimi olan BV-BRC (Bakteriyel ve Viral Biyoenformatik Kaynak Merkezi) kullanılmaktadır. BV-BRC, NIH/NIAID tarafından finanse edilen, entegre analiz araçları ve görselleştirmelerle kapsamlı bakteriyel genomik veriler sağlayan bir bakteriyel Biyoenformatik Kaynak Merkezidir. BV-BRC ayrıca kullanıcıların kendi verilerini yükleyip analiz edebilecekleri özel bir çalışma alanı da sunar. Kurs katılımcıları, ham sekans verilerinden başlayarak bakteriyel genomların karşılaştırmalı analizini yapmak için gereken becerileri kazanacaklardır. İlk modüldeki dersler genom montajı (assembly), anotasyon, filogenetik ağaç oluşturma ve protein ailesi / proteom karşılaştırmalarını kapsamaktadır. Her ders bir öncekinin üzerine inşa edilerek eksiksiz bir temel analiz iş akışı oluşturur. NOT: Bu kurstaki alıştırmalar, BV-BRC'nin öncül sistemi olan PATRIC kullanılarak geliştirilmiştir. Ancak BV-BRC, PATRIC üzerine inşa edildiğinden içeriğin büyük kısmı hala aynıdır.