Genom Dizileme Programlama Yarışması

2011 baharında, Almanya'da binlerce insan, kanlı ishal ile gıda zehirlenmesi olarak başlayan ve sıklıkla böbrek yetmezliğine yol açan ölümcül bir hastalık nedeniyle hastaneye kaldırıldı. Bu, E. coli X olarak adlandıracağımız gizemli bir bakteri türünün neden olduğu, yakın tarihin en ölümcül salgınının başlangıcıydı. Kısa süre sonra Alman yetkililer, salgını Lübeck'teki bir restoranla ilişkilendirdi; burada müşterilerin neredeyse %20'sinde sadece bir hafta içinde kanlı ishal gelişmişti. Bu noktada biyologlar, daha önce bilinmeyen bir patojenle karşı karşıya olduklarını ve geleneksel yöntemlerin yeterli olmayacağını biliyorlardı; yeni ortaya çıkan patojenin genomunu dizilemek ve analiz etmek için hesaplamalı biyologlara ihtiyaç duyulacaktı. Salgın türünün evrimsel kökenini ve patojenik potansiyelini araştırmak için araştırmacılar, kitle kaynaklı bir araştırma programı başlattılar. Bir hastadan alınan bakteriyel DNA dizileme verilerini yayınladılar ve bu veri, dört kıtadaki hesaplamalı biyologlar tarafından gerçekleştirilen yoğun bir analiz dalgasına yol açtı. Proje için GitHub'ı bile kullandılar: https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki 2011 Almanya salgını, epidemiyologların iş birliği yapmasının erken bir örneğini temsil ediyordu.