Bitki Biyoenformatik Yöntemleri

Son 15 yıl, bitki biyolojisinde heyecan verici gelişmelere sahne oldu. Yüzlerce bitki genomu dizilendi, RNA-seq transkriptom düzeyinde ifade profili çıkarılmasını sağladı ve "-seq" tabanlı yöntemlerin yaygınlaşması, protein-protein ve protein-DNA etkileşimlerinin ucuza ve yüksek verimli bir şekilde belirlenmesine olanak tanıdı. Bu veri setleri ise bir fare tıklaması veya parmak dokunuşuyla hipotezler üretmemizi sağlıyor. Coursera'daki Bitki Biyoenformatiği Uzmanlığı; Bioinformatic Methods I kapsamında NCBI'ın Genbank'ı, Blast, çoklu dizi hizalamaları ve filogenetik gibi temel biyoenformatik yetkinliklerini ve kaynaklarını tanıtır; ardından Bioinformatic Methods II kapsamında protein-protein etkileşimi, yapısal biyoenformatik ve RNA-seq analizini ele alır. Bitki Biyoenformatiği bölümünde, genom tarayıcılarından transkriptomik veri madenciliğine, promoter/ağ analizlerine kadar bitkilere özel 33 çevrimiçi aracı inceliyoruz. Son olarak, Bitki Biyoenformatiği Bitirme Projesi (Capstone) ile bu araçlar, işlevi bilinmeyen bir genin biyolojik rolü hakkında hipotez kurmak için kullanılır ve yazılı bir laboratuvar raporuyla özetlenir. Bu uzmanlık, inanılmaz veri kapsamını hissetmek isteyen tüm modern bitki moleküler biyologları için son derece faydalıdır.